1982年，75岁的王淦昌主动辞去二机部副部长等职，仍兼任原子能研究所名誉所长。
1983年，在第六次全国人大会上王淦昌再次当选常委委员。
1984年，王淦昌亲自主持和指导秦山核电站及北京的强流电子直线感应加速器论证等。
1986年，王淦昌与王大珩等著名科学家向党中央提出跟踪国外髙新技术发展的建议，即著名的中国863计划。
1987年，王淦昌主持国家神光激光装置鉴定会，并在80寿辰时发表有关中国激光研究的重要论文。
1988年，王淦昌与王大珩、于敏等物理学家向国务院提出将激光核聚变列人863计划，并获得批准。
198了年，王淦昌赴苏联杜布纳访问，被莫斯科大学授予名誉博士。
1990年2月，王淦昌与钱三强、李觉、姜圣阶联名写信给江泽民、李鹏同志，就中国发展核电站提出建议，并在其领导的氟化氪准分子激光研究上取得重要进展。