第3个病例出现在纽约市外的联合医院医疗中心。纽约州卫生部的科学家们在病人所在的医院进行了彻底搜查，寻找这种新细菌的来源。虽然他们发现了一个携带耐甲氧西林金葡菌的病人和一个医生，但是他们的菌株是不同的。因此，当这个人在1998年3月死于无法治愈的葡萄球菌感染时，这种超级细菌的起源仍然是个谜。689
这些新的微生物被命名为万古霉素不敏感金黄色葡萄球菌。美国疾控中心很痛苦地注意到，所有新的超级细菌对万古霉素仍有一定的脆弱性；这对死亡的病人来说是一个小小的安慰。
随着1998年和1999年纽约市和其他地方出现的类似情况，公共卫生界的焦虑情绪大幅上升。瑞士研究员弗朗西斯·沃德沃格博士发现导管中的塑料材料实际上增加了在该位点生长的葡萄球菌获得强大耐药性的可能性。690在洛克菲勒大学，专家检测到从城市医院的病人身上提取的特殊耐甲氧西林金葡菌菌株，这些菌株已经进化出了开关机制，在万古霉素的压力环境下开启，将万古霉素分子无害地结合到它们的细胞壁上，使药物失效，691被称之为万古霉素中度耐药金黄色葡萄球菌。治疗受这种细菌感染婴儿的日本研究小组使用复杂的方法，在耐甲氧西林金葡菌样本中检测出这些易转变的细菌，发现日本9%的耐甲氧西林金葡菌能够转变成这种微生物。